El 3 de julio de 1910 es fundada en Temuko la primera organización mapuche, la Sociedad Caupolicán Defensora de la Araucanía, inaugurándose una nueva etapa en la historia mapuche. Varios de sus fundadores son personas que tempranamente habían sido escolarizadas y que provenían directamente de algunas de las grandes y nombradas familias mapuche del siglo XIX. Es el caso de su primer presidente, Manuel Nekulmañ, primer profesor normalista mapuche que, luego de titularse en Santiago, ya en 1882 creó la primera escuela en el recién fundado fuerte de Temuko. La SCDA nace en un contexto de minorización del pueblo mapuche en su territorio, de racismo y violencia colonial.

En 1916, Manuel Aburto Panguilef, jóven pastor anglicano, funda en Lonkoche la Sociedad Mapuche de Protección Mutua. Esta organización se transforma, durante el Primer Congreso Araucano, convocado por Aburto Panguilef en Kollimalliñ, en diciembre de 1921, en la Federación Araucana. Su primer y único presidente será Manuel Aburto Panguilef. Ligando la identidad mapuche con un misticismo religioso que combinaba cristianismo y religiosidad mapuche, la FA desplegó una intensa movilización centrada en la ritualidad tradicional. La SCDA y la FA marcarán profundamente al movimiento mapuche en sus orígenes.

En 1918, otra organización, la Moderna Araucanía, ligada a la Iglesia Católica, es fundada en Kunko por Antonio Chiwaylaf, profesor en la escuela local y miembro de una importante familia del lugar. Si bien la MA aspira a ser una organización nacional mapuche, como la SCDA y la FA, su implantación sería menor. Más tarde, en 1926, el misionero capuchino Guido Beck de Ramberga creará la Unión Araucana. La nueva organización será presidida igualmente por Antonio Chiwaylaf. Fue creada para contrarrestar la influencia del Partido Comunista en el movimiento mapuche. La UA tendrá una influencia bastante limitada.

La primera organización mapuche de la diáspora de la que se tiene conocimiento es la Sociedad Pro-Defensa de la Raza, fundada en Santiago en 1927. A pesar de que llegó a contar «con 45 socios activos y muchos simpatizantes» , el grupo no dará prueba de un gran dinamismo. En junio de 1932, entre dos golpes de Estado, una efímera República Socialista gobernará doce días el país. Los miembros de la Sociedad, de simpatías socialistas, deciden entonces crear una nueva organización, la Sociedad de Araucanos Galvarino. Esta se fusionará más tarde con la Alianza Cultural Araucana, y con el nombre de Unión Araucana Galvarino se convertirá, por largo tiempo, en la más importante y activa de las organizaciones de la diáspora mapuche en Santiago.

La década del treina también vio surgir organizaciones mapuche en en la Fütawillimapu. Cabe destacar a la Junta General de Caciques. Su organización también esta asociada a la defensa de las tierras afectadas por la usurpación por parte de latifundistas y las empresas de colonización. Estas organizaciones se venian artículando con organizaciones mapuche con anterioridad, como ocurrio con la Sociedad Caupolicán, que tras la “Matanza de Forawe” la denunció enérgicamente y se se hizo presente en la zona. El hecho ocurrió cerca de Osorno en octubre de 1912, donde fueron asesinados 15 mapuche y otros diez quedaron heridos.

El 17 de abril de 1938 se crea en Temuko el Frente Único Araucano, que agrupa a asociaciones y militantes de izquierda. Esta organización estuvo asociada al Frente Popular. Sus dirigentes principales fueron Gregorio Seguel Capitán y Andrés Chiwaylaf Wenulef. El FUA debía servir para facilitar al Gobierno la realización del programa agrícola, de alfabetización y estímulos a los pequeños agricultores mapuche. La muerte del Presidente Pedro Aguirre Cerda, en noviembre de 1941, será un factor importante en su decaimiento.

El 12 de noviembre de 1938, en Temuko, con la fusión de la SCDA y la FA, además de otras asociaciones más pequeñas, se crea la Corporación Araucana. Esta organización se convertirá en la más grande e influyente de la época, hegemonizando durante veinte años el movimiento mapuche. Su principal dirigente fue Venancio Koñuepan, que venía de la SCDA. Manuel Aburto Panguilef, que en los inicios fue también parte del directorio, desaparece poco a poco de la escena pública. Otros destacados dirigentes fueron José Kayupi, Esteban Romero y Abelino Obando, todos provenientes igualmente de la SCDA. Aliada con la derecha, la Corporación Araucana logró desarrollar una exitosa estrategia de empoderamiento institucional.

Años más tarde, algunos dirigentes y militantes del FUA participarán en la fundación, en 1953 en Temuko, de la Asociación Nacional Indígena. Cercana al Partido Comunista, la ANI representará una oposición de izquierda a Koñuepan y la Corporación Araucana. Tras la crisis de la CA, en un contexto de mayor influencia de la izquierda en la política chilena y regional, en 1958 una parte de sus miembros rompe con la organización, creando la Nueva Sociedad Lautaro, dirigida por Antonio Mulato Ñunke. Con el derrumbe de la CA, se abre un nuevo periodo marcado por la hegemonia de la izquierda chilena. El movimiento mapuche, como tal, será en adelante débil, con escazo protagonismo político. Prisionero de una visión clasista esquemática, la izquierda reducirá la cuestión mapuche a su sola dimensión campesina.

En el periodo de la Unidad Popular, los partidos de izquierda y en particular el MIR, tienen una hegemonía sin contrapeso en las movilizaciones mapuche por la recuperación de tierras, controlando además gran parte de las asociaciones locales, en el Wallmapu y en la diáspora. Todos tienen en común una visión reduccionista de la cuestión mapuche, basada en la idea, que se supone marxista, que la lucha política tiene como único fundamento la lucha de clases y la consciencia de clase. El movimiento mapuche, basado en la identidad étnica, se encuentra atomizado y en una situación de subordinación.

Sólo la Federación Universitaria Indígena, dirigida por militantes de izquierda, cumple un rol aglutinador nacional mapuche, por sobre las fronteras partidiarias chilenas. Presidida por Jaime Huenchuñir, la organización se funda en Temuko en septiembre de 1967, a partir del Grupo Universitario Indígena, que existía desde noviembre de 1966. Junto a la FUI se forma una directiva de estudiantes secundarios, presidida por Ramón Tranamil, del Instituto Superior de Comercio de Temuko. Dada la cercanía entre ambas estructuras, la organización será conocida como Federación de Estudiantes Indígenas (FEI), agrupando a un importante contingente de estudiantes mapuche, sobre todo en Temuko.

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