En 1818, al salir de las guerras de independencia, el Estado chileno se extiende desde el desierto de Atacama por el norte hasta el río Biobío por el sur, que marca la frontera con el territorio mapuche independiente, llamado por los hispano-criollos Arauco o la Araucanía y con una extensión territorial que abarca ambos lados de la Cordillera de los Andes. Dicho territorio, tras largos siglos de guerra, habia sido reconocido independiente por la propia Corona Española en varios parlamentos y tratados con las autoridades mapuche, el último celebrado en la localidad fronteriza de Negrete, en 1803.

Sin embargo, para el nuevo Estado nación, la población mapuche, esté o no bajo autoridad de la República, era ahora chilena, y chileno su territorio. Para las autoridades, la independencia mapuche es sobre todo un problema geopolítico. El Wallmapu, como denominamos hoy los mapuche a nuestro territorio, era una cuña que interrumpía la continuidad territorial del nuevo estado por lo que su anexión se torna de una importancia estratégica. La voluntad existía: era sólo cuestión de tiempo, de condiciones políticas y de capacidad militar para realizarla.

El País Mapuche representaba igualmente un interés económico. La crisis económica demanda nuevas tierras para cultivo y las de Wallmapu son fértiles; su ocupación, colonización y explotación es un objetivo sobre el cual existe consenso en la sociedad chilena. La presión sobre la tierra se vuelve insostenible, a través de una colonización espontánea por campesinos sin tierra y la compra de terrenos por grandes propietarios o autoridades civiles y militares de la frontera. El País Mapuche constituye también un valioso botín: densamente poblado y rico en ganado, era cruzado por rutas comerciales que se prolongaban allende la Cordillera de los Andes hasta las pampas del sur de Buenos Aires.
 

A partir de 1862 Chile inicia una campaña militar de ocupación, conocida como «Pacificación de la Araucanía». Ya no se trata de la instalación de nuevos fuertes en la línea de frontera, sino de la ocupación total. Esta campaña comenzó con el avance de una primera línea de fuertes al Malleco. En plena Guerra del Pacífico contra Perú y Bolivia (1879-1883), el gobierno chileno avanza una segunda línea de fuertes al Cautín. Es la etapa final de la guerra del Estado chileno en contra del pueblo mapuche, que concluye con su invasión y posterior colonización. En este mismo periodo en Puelmapu, las provincias argentinas limítrofes prosiguen su expansión en las pampas del sur, proceso denominado «Campaña del Desierto» y encabezado por el general Julio A. Roca.

Como toda guerra de ocupación, la conquista chilena fue cruenta. A medida que avanzaba el ejército desde el norte, la limpieza étnica mediante masacres de poblaciones indefensas, el saqueo del ganado, sin olvidar el pillaje, el incendio de las casas y la destrucción de los sembrados, empujaba a la población sobreviviente hacia el sur. Los testimonios del siglo XIX abundan en relatos de esta «pacificación». Miles de guerreros mapuches muertos defendiendo su tierra y familias, de niños, mujeres y ancianos masacrados, significó una enorme sangría demográfica para el pueblo mapuche. Vastas zonas de Wallmapu se encontraron al final de la guerra despobladas, los campos desvastados, el ganado saqueado, la base económica de la sociedad mapuche destruida.

En 1881, el fracaso del ataque del ejército mapuche al recién fundado fuerte de Temuko marcaría el fin de la resistencia armada, dándose a partir de entonces sólo actos aislados que se prolongaron hasta 1883. Ello en un contexto de tal debilitamiento mapuche que, cuando el ejército chileno ocupa las ruinas de Villarrica en diciembre de 1882, no debe hacer frente a ninguna resistencia militar. En Puelmapu, las sucesivas derrotas frente a las fuerzas militares argentinas culminaron con la rendición del lonko Sayweke (1º de enero de 1885), terminando así la última resistencia armada mapuche. Con la llegada del nuevo siglo, una nueva historia de reorganización y resistencia comenzaría a escribirse.

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